Simbol kontras yang berada di tengah menunjukkan kata arab bertuliskan ALI, sebagai simbol yang menunjukkan sosok Sang Pendiri dan inspirator lembaga pendidikan ini, yakni Simbah Kyai Ali Maksum (1915 - 1998).
Dan background Belakang adalah gambar Panggung Krapyak atau dikenal dengan nama Kandang Menjangan. Simbol ini sebuah anugrah pemberian Ngarso Dalem Sri Sultan HB IX, untuk memberikan petunjuk lokasi pondok yang berada di sebelah benteng pertahanan arah selatan Kraton Yogyakarta.
Sedangkan dua lingkaran menunjukkan simbol ikatan kelembutan dan kekuatan yang selalu mengitari dan berthawaf dalam setiap proses belajar dan pembelajaran seluruh civitas akademik lembaga ini.
Simbol ini digunakan untuk administrasi resmi yang dikeluarkan oleh Yayasan Ali Maksum dan atau lembaga turunannya. Namun bila hanya untuk kalangan internal civitas yayasan, logo yang dipergunakan diperbolehkan dengan tanpa lingkaran dan Kandang Menjangan.